合格性考试与选择性考试主要有以下区别：
一是考试目的不同。合格性考试是检查全体高中学生是否达到普通高中课程方案和课程标准规定的基本学业要求，考试结果用于学生毕业资格认定，各科均合格的方可准予毕业;选择性考试是在落实共同学习基础的前提下，由高中学生根据自身兴趣特长、学业修习情况和高校人才选拔要求，自主确定3门选择性考试科目，考试结果作为普通高校统一高考招生录取的“两依据”之一(另一个依据为统一高考语文、数学、外语3门科目成绩)。
二是考试科目不同。合格性考试覆盖国家课程方案规定的所有学习科目，共计14门。选择性考试科目由学生在“物理、历史”中选择1门、在“思想政治、地理、化学、生物”中选择2门，共计3门科目组成。
三是考试范围不同。合格性考试范围为各学科课程标准确定的必修内容;目前，选择性考试范围为各学科课程标准确定的必修和选修Ⅰ内容。
四是成绩呈现不同。合格性考试科目成绩分为“合格”和“不合格”。选择性考试中，物理、历史成绩以原始分呈现;思想政治、地理、化学、生物4门科目成绩以等级转换分形式呈现。
五是考试时间和考试机会不同。高中各科目合格性考试相应安排在高中三个学年进行，高一年级学生参加省级统一组织实施的合格性考试科目原则上不超过4门，学生在完成必修学分课程的基础上参加合格性考试。普通高中学生在校期间参加相关科目合格性考试成绩不合格者，可参加补考。在校补考仍不合格者，可在离校后2年内继续申请补考。选择性考试从2021年开始实施，每年组织1次，安排在6月份全国统一高考后进行，限报考当年统一高考的考生参加。
